*20246000001881* 

Al contestar por favor cite estos datos: 

Radicado No.: 20246000001881 

Fecha: 02/01/2024 06:09:25 p.m. 

Bogotá D.C. 

REFERENCIA: SALARIOS Y PRESTACIONES. Reconocimiento de Bonificación por Servicios Prestados,  Prima de Navidad y Vacaciones con disfrute de incapacidad superior a 180 días. RADICACIÓN: 20232061031392 del 21 de noviembre de 2023. 

Reciba un saludo de parte de Función Pública, en atención a la comunicación de la referencia, sobre la cual  consulta:  

“Por las razones expuestas, respetuosamente solicito al Departamento Administrativo de la Función  Pública, emitir un concepto jurídico sobre las normas aplicables (en este caso específico), para  realizar los pagos correspondientes de Bonificación por Servicios Prestados, Vacaciones y Prima de  Navidad; además, solicito conceptuar sobre los eventos que interrumpen el tiempo de servicio y  vacaciones”.  

En atención a su consulta contenida en el oficio de la referencia y relacionada con el disfrute de bonificación  por servicios prestados, me permito manifestarle lo siguiente: 

Sea lo primero señalar en relación con el pago de las incapacidades que, el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10,  del Decreto 780 de 2016¹, dispone: 

“En el Sistema General de Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las  prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por  enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día y de conformidad con la  normatividad vigente”. 

En ese sentido, desde el tercer día hasta el día 180 de incapacidad, la obligación de sufragar las  incapacidades se encuentra a cargo de las EPS 

Ahora bien, frente a las incapacidades superiores a 180 días, es preciso indicarle que, el Decreto-Ley 3135 de  1968², señala: 

“ARTÍCULO 18. AUXILIO POR ENFERMEDAD. En caso de incapacidad comprobada para desempeñar sus  labores, ocasionada por enfermedad, los empleados o trabajadores tendrán derecho a que la respectiva  entidad de previsión social le pague, durante el tiempo de la enfermedad, las siguientes remuneraciones: 

a) Cuando la enfermedad fuere profesional, el sueldo o salario completo durante ciento ochenta (180) días, y

b) Cuando la enfermedad no fuere profesional, las 2 terceras partes (2/3) del sueldo o salario durante los  primeros noventa (90) días y la mitad del mismo por los noventa (90) días siguientes. 

PARAGRAFO. La licencia por enfermedad no interrumpe el tiempo de servicio.  

Cuando la incapacidad exceda de ciento ochenta (180) días el empleado o trabajador será retirado del servicio  y tendrá derecho a las prestaciones económicas y asistenciales que este decreto determina”. (Negrilla y  subrayado por fuera del texto original). 

A su vez, el Decreto 1848 de 1969³, establece: 

“ARTICULO 9. PRESTACIONES. En caso de incapacidad comprobada para trabajar, motivada por enfermedad  no profesional, los empleados públicos y los trabajadores oficiales tienen derecho a las siguientes  prestaciones: 

1. a. Económica, que consiste en el pago de un subsidio en dinero, hasta por el término máximo de ciento ochenta (180) días, que se liquidará y pagará con base en el salario devengado por el incapacitado, a razón de las dos terceras partes (2/3) de dicho salario, durante los primeros noventa (90) días de  incapacidad y la mitad del mencionado salario durante los noventa (90) días siguientes, si la  incapacidad se prolongare; y 
2. Asistencial, que consiste en la prestación de servicios médicos, farmacéuticos, quirúrgicos, de laboratorio y  hospitalarios, a que hubiere lugar, sin limitación alguna y por todo el tiempo que fuere necesario.” (Negrilla y  subrayado por fuera del texto original). 

De conformidad con el artículo 18 del Decreto 3135 de 1968 y el artículo 9 del Decreto 1848 de 1969, el  empleado incapacitado tendrá derecho al pago de un subsidio en dinero correspondiente a un salario  completo durante ciento ochenta días (180), cuando la enfermedad fuere profesional y a las dos terceras (2/3)  partes del salario durante los primeros noventa (90) días y la mitad del mismo por los noventa (90) días  siguientes, cuando la enfermedad no fuere profesional. 

Por consiguiente, puede colegirse que el reconocimiento y pago de incapacidades por enfermedad, es hasta  por el término de ciento ochenta (180) días. Este pago es asumido por la respectiva EPS si se trata de  enfermedad general o por la ARL si se trata de una enfermedad profesional o accidente de trabajo. 

En el caso de que la incapacidad generada por enfermedad no profesional supere ciento ochenta (180) días,  no existe obligación legal para la EPS, de continuar con dicho reconocimiento. Se reitera que la incapacidad  por enfermedad no suspenderá la relación laboral, el empleador deberá continuar efectuando los respectivos  aportes en salud y pensiones de conformidad con lo establecido en el inciso 1 del artículo 40 de Decreto 1406  de 1999. 

Una vez el empleado supera el término de ciento ochenta días de incapacidad, resulta obligatorio continuar  con el reconocimiento de aportes a la seguridad social y de prestaciones sociales del empleado; excepto para  las vacaciones, las cuales expresamente en el artículo 22 del Decreto 1045 de 1978⁴, excluyen a la  incapacidad que exceda de ciento ochenta días. 

De otra parte, el Decreto 1333 de 2018⁵, consagra en su artículo 2.2.3.3.1, el reconocimiento y pago de  incapacidades superiores a quinientos cuarenta (540) días, en los siguientes casos: 

“1. Cuando exista concepto favorable de rehabilitación expedido por el médico tratante, en virtud del  cual se requiera continuar en tratamiento médico.  

2. Cuando el paciente no haya tenido recuperación durante el curso de la enfermedad o lesión que originó la  incapacidad por enfermedad general de origen común, habiéndose seguido con los protocolos y guías de  atención y las recomendaciones del médico tratante.  
3. Cuando por enfermedades concomitantes se hayan presentado nuevas situaciones que prolonguen el  tiempo de recuperación del paciente.  

De presentar el afiliado cualquiera de las situaciones antes previstas, la EPS deberá reiniciar el pago de la  prestación económica a partir del día quinientos cuarenta y uno (541). (Negrilla y subrayado por fuera del  texto original).  

Igualmente señala la norma, frente al momento de la calificación definitiva: 

ARTÍCULO 2.2.3.3.2. Momento de la calificación definitiva. En cualquier momento,  cuando la EPS emita concepto desfavorable de rehabilitación, se dará inicio al trámite de calificación de Invalidez de que trata el artículo 41 de la Ley 100 de 1993,  modificado por el artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012”. (Negrilla y subrayado por  fuera del texto original).  

Ahora bien, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 2.2.3.2.3 del Decreto 1333 de 2018⁶, existe prórroga de  la incapacidad derivada de enfermedad general de origen común, cuando se expide una incapacidad con  posterioridad a la inicial, por la misma enfermedad o lesión o por otra que tenga relación directa con esta, así  se trate de diferente código CIE (Clasificación Internacional de Enfermedades), siempre y cuando entre una y  otra, no haya interrupción mayor a 30 días calendario. 

De igual forma, el artículo 2.2.3.3.2 ibídem, señala que, en cualquier momento, cuando la EPS emita concepto  desfavorable de rehabilitación, se dará inicio al trámite de calificación de invalidez de que trata el artículo 41  de la Ley 100 de 1993, modificado por el artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012.⁷ 

De acuerdo con lo expuesto, mientras el empleado permanezca incapacitado sin que se le defina la situación  de incapacidad permanente parcial o el estado de invalidez, incluyendo las incapacidades originadas en  enfermedad general por más de quinientos cuarenta (540) días, la EPS deberá reiniciar el pago de la  prestación económica a partir del día quinientos cuarenta y uno (541), y tendrá derecho además, al  reconocimiento y pago de las demás prestaciones sociales legalmente establecidas, pero no será procedente  el pago de vacaciones, después de ciento ochenta (180) días de incapacidad, por enfermedad o accidente de  trabajo, por cuanto se considera interrumpido el tiempo de servicios, y no procede remuneración alguna por  concepto de vacaciones. 

Por otro lado, el trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general a cargo del Sistema  General de Seguridad Social en Salud, se adelantará de manera directa por el empleador ante las entidades  promotoras de salud, EPS, de conformidad con lo señalado en el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012⁸.  En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho  reconocimiento. 

Frente al pago de las incapacidades que superen los 180 días, la Sala Quinta de Revisión de la Corte  Constitucional, mediante Sentencia T- 246 de 2018, Expedientes T-6.562.639 y T-6.577.261 (Acumulados).  M.P Antonio José Lizarazo Ocampo, dispuso lo siguiente: 

“(...) 

Conforme al artículo 1º del Decreto 2943 de 2013, que modificó el parágrafo 1º del artículo 40 del Decreto 1406  de 1999, el pago de los dos (2) primeros días de incapacidad por enfermedad de origen común, corresponden  al empleador. 

A su vez, en concordancia con el artículo 142 del Decreto 019 de 2012, el pago de las incapacidades  expedidas del día tres (3) al día ciento ochenta (180) están a cargo de las Entidades Promotoras de Salud, y el  trámite tendiente a su reconocimiento está a cargo del empleador. 

En cuanto a las incapacidades de origen común que persisten y superan el día 181. Al respecto, si bien  en principio eran objeto de debate, en tanto se asumía que el pago estaba condicionado a la existencia  de un concepto favorable de recuperación, esta Corporación ha sido enfática en afirmar que el pago de  este subsidio corre por cuenta de la Administradora de Fondos de Pensiones a la que se encuentre  afiliado el trabajador, ya sea que exista concepto favorable o desfavorable de rehabilitación. 

Ahora, en el evento que la EPS no cumpla con la emisión del concepto de rehabilitación sea favorable o  desfavorable- antes del día 120 de incapacidad temporal y la remisión del mismo a la AFP  correspondiente, antes del día 150, de que trata el artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012, le compete  a la EPS pagar con sus propios recursos el subsidio equivalente a la respectiva incapacidad temporal,  esto, en caso de que la incapacidad se prolongue más allá de los 180 días. En tal sentido, asumirá  desde el día 181 y hasta el día en que emita el concepto en mención. 

Así mismo, de acuerdo con la norma citada, una vez el fondo de pensiones disponga del concepto favorable  rehabilitación, podrá postergar el proceso de calificación de pérdida de capacidad laboral hasta por 360 días  calendario adicionales a los primeros 180 de incapacidad temporal que otorgó [y pagó] la EPS. Sin embargo,  en caso de que la AFP decida utilizar dicha prerrogativa, la ley prevé como condición el pago de un subsidio  equivalente a la incapacidad temporal que venía disfrutando el trabajador. Contrario sensu, si el concepto de  rehabilitación que recibe el fondo de pensiones por parte de la EPS, es desfavorable, la primera deberá  proceder de manera inmediata a calificar la pérdida de capacidad del afiliado, toda vez que la recuperación del  estado de salud del trabajador es médicamente improbable. En todo caso, los subsidios por incapacidades  del día 181 al día 540, están a cargo de las Administradoras de Fondos de Pensiones, siempre que  cuenten con el concepto de rehabilitación por parte de la EPS, sea este favorable o no para el afiliado.  (...) (Negrilla y subrayado por fuera del texto original).  

De conformidad con la normativa y jurisprudencia citada, podemos concluir que de conformidad con el  parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10, del Decreto 780 de 2016, en el Sistema General de Seguridad Social en  Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos  (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a  partir del tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente. En ese sentido, desde el tercer día  hasta el día 180 de incapacidad, la obligación de sufragar las incapacidades se encuentra a cargo de las EPS. 

A partir del día 180 y hasta el día 540 de incapacidad, la prestación económica corresponde, por regla  general, a las AFP, sin importar si el concepto de rehabilitación emitido por la entidad promotora de salud es  favorable o desfavorable.

No obstante, existe una excepción a la regla anterior. Como se indicó anteriormente, el concepto de  rehabilitación debe ser emitido por las entidades promotoras de salud antes del día 120 de incapacidad y  debe ser enviado a la AFP antes del día 150. Si después de los 180 días iniciales las EPS no han expedido el  concepto de rehabilitación, serán responsables del pago de un subsidio equivalente a la incapacidad  temporal, con cargo a sus propios recursos hasta tanto sea emitido dicho concepto. 

El Legislador asignó la responsabilidad de sufragar las incapacidades superiores a 540 días a las EPS, y que  las EPS pueden perseguir el reconocimiento y pago de las sumas canceladas por dicho concepto en los  términos del artículo 67 de la Ley 1753 de 2015 ante la entidad administradora de los recursos del Sistema  General de Seguridad Social en Salud, que asumió funciones a partir del 1º de agosto de 2017, según lo  prescrito en el artículo 1º del Decreto 546 de 2017. 

En virtud del artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 el trámite para el reconocimiento de incapacidades  por enfermedad general a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, se adelantará de manera  directa por el empleador ante las entidades promotoras de salud y en ese sentido, éste podrá hacer el pago  del auxilio económico correspondiente a la incapacidad superior a 540 días al trabajador de manera directa y  luego realizar el recobro correspondiente a la EPS. 

En este orden de ideas y respondiendo puntualmente sus interrogantes tenemos que, de conformidad con el  parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10, del Decreto 780 de 2016, en el Sistema General de Seguridad Social en  Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos  (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a  partir del tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente. En ese sentido, desde el tercer día  hasta el día 180 de incapacidad, la obligación de sufragar las incapacidades se encuentra a cargo de las EPS.  

A partir del día 180 y hasta el día 540 de incapacidad, la prestación económica corresponde, por regla  general, a las AFP, sin importar si el concepto de rehabilitación emitido por la entidad promotora de salud es  favorable o desfavorable. 

Así las cosas, a partir del día 180 no hay reconocimiento de salarios ni de elementos salariales como la  bonificación por servicios prestados, pero si de prestaciones sociales en general, salvo las vacaciones, las  cuales de conformidad con el Decreto 1045 de 1978 se interrumpe el tiempo de servicios a partir del día 180  por lo que, no podrán ser reconocidas, hasta que se defina el reintegro del servidor o se defina su estado de  pensión por invalidez. 

Para mayor información relacionada con los temas de este Departamento Administrativo, le sugerimos  ingresar a la página web de la entidad en el link www.funcionpublica.gov.co/web/eva/gestor-normativo,  «Gestor Normativo», donde podrá consultar entre otros temas, los conceptos emitidos por esta Dirección  Jurídica. 

El anterior concepto se emite en los términos establecidos en el Artículo 28 del Código de Procedimiento  Administrativo y de lo Contencioso Administrativo. 

Cordialmente, 

ARMANDO LÓPEZ CORTES  

Director Jurídico  

Proyectó: Vivian Parra  

Revisó: Maia Borja  

116028.4.

NOTAS DE PIE DE PÁGINA

1“Por medio del cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social”.

2“Por el cual se prevé la integración de la seguridad social entre el sector público y el privado, y se regula el  régimen prestacional de los empleados públicos y trabajadores oficiales”. 

3“Por el cual se reglamenta el Decreto 3135 de 1968”.

4Por el cual se fijan las reglas generales para la aplicación de las normas sobre prestaciones sociales de los empleados  públicos y trabajadores oficiales del sector nacional.” 

5“Por el cual se sustituye el Título 3 de la Parte 2 del Libro 2 del Decreto 780 de 2016, se reglamenta las incapacidades  superiores a 540 días y se dictan otras disposiciones”.

6Por el cual se sustituye el Título 3 de la Parte 2 del Libro 2 del Decreto 780 de 2016, se reglamenta las incapacidades  superiores a 540 días y se dictan otras disposiciones 

7 Por el cual se dictan normas para suprimir o reformar regulaciones, procedimientos y trámites innecesarios  existentes en la Administración Pública.” 

8“Por el cual se dictan normas para suprimir o reformar regulaciones, procedimientos y trámites innecesarios  existentes en la Administración Pública.”