Concepto 342951 de 2021 - Departamento Administrativo de la Función Pública

Los primeros dos días de incapacidad el empleador deberá asumir el pago del auxilio correspondiente. Desde el tercer día hasta el día 180 de incapacidad, la obligación de sufragar las incapacidades se encuentra a cargo de las EPS. A partir del día 180 y hasta el día 540 de incapacidad, la prestación económica corresponde, por regla general, a las AFP, sin importar si el concepto de rehabilitación emitido por la entidad promotora de salud es favorable o desfavorable, siendo obligatorio para la administración continuar con el reconocimiento de aportes a la seguridad social y de prestaciones sociales del empleado; excepto las vacaciones. En virtud del artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 el trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, se adelantará de manera directa por el empleador ante las entidades promotoras de salud y en ese sentido, éste podrá hacer el pago del auxilio económico correspondiente a la incapacidad superior a 180 días al trabajador de manera directa y luego realizar el recobro correspondiente a la EPS.